伊犁州妇幼保健院始建于1987年，经过20年不懈努力，发展为现在基础设施完善、技术实力雄厚、诊疗设备齐全、检测手段先进、服务项目全面，集医疗、保健、科研、教学为一体的国家二级医疗保健机构。
伊犁州妇幼保健院承担着州直八县两市妇幼保健业务指导和技术援助任务，是“爱婴医院”、“伊犁州直八县一市城镇职工保险和生育保险定点医疗机构”、“商业医疗保险定点医疗机构”、“新型农村合作医疗定点医疗机构”、“伊宁市经济合作区社区医疗卫生和计划生育服务中心”、“伊犁州妇幼卫生培训中心”，与南京市妇幼保健院、无锡市妇幼保健院、扬州市妇幼保健院、济南市妇幼保健院、苏州市儿童医院建立了长期友好合作关系。
伊犁州妇幼保健院现有员工180人（在编员工114人，聘用员工66人），其中卫生技术人员102人（高级职称16人，中级职称44人）。拥有固定资产3000余万元，伊犁州妇幼保健院新业务综合楼业务用房10800平方米，开放病床100张。以三大中心——围产保健中心、儿童医疗保健中心、妇女医疗保健中心为架构，开设妇保科、儿保科、新生儿监护室、产科、妇科、儿科、内科、外科、乳腺科、口腔科、手术麻醉科、男性科、中医针灸理疗等临床科室和影像、检验、病理等辅助科室及健康管理、社区卫生科。拥有大型彩色B超、乳腺钼靶X光机、数码电子阴道镜、远程胎儿中央监控系统、多参数监护仪、射频消融治疗仪、麻醉机、全自动生化仪、全自动血液粘变动态分析仪、五分类血球分析仪、微量元素测定仪、精液测定仪、电化学发光仪、液基薄层细胞检测仪、全自动荧光定量PCR分析仪等278台价值900多万元的高精密医疗设备。新的综合业务楼的使用和数字化医院管理软件的实施，为优化服务流程、美化医院环境，方便病人就医，提升服务品质，构建和谐妇幼保健院提供了不可或缺的平台。
伊犁州妇幼保健院始终坚持党的妇幼卫生工作方针，认真履行《母婴保健法》赋予的职责、坚持妇幼保健机构承担政府职责、体现公益性质的专业机构性质。完成各级政府和卫生行政部门下达的指令性任务。协助卫生行政部门制定全州妇幼卫生工作的相关政策、技术规范及各项规章制度。受卫生行政部门委托对全州各级各类医疗保健机构开展的妇幼卫生服务进行检查、考核与评价。收集、分析妇幼卫生信息，为政府决策提供依据。作为伊犁州妇幼保健人员进修基地和培训中心，不遗余力地对州直八县二市的妇幼保健业务开展进行指导并提供技术支持。组织母婴保健技术人员培训，努力提高全州妇幼保健人员技术水平。立足科学发展观，坚持以人为本，以保障妇女儿童健康、提高出生人口素质为目的，以保健为主导，以医疗为支撑，以管理为保证，以服务为特色，以卓越的保健院文化为引导，不断实现观念创新、机制创新、体制创新，追求卓越；以优美的环境、良好的医德、规范的服务，赢得社会的广泛赞誉。先后荣获伊犁州直“精神文明先进单位”、“民族团结进步模范单位”、“先进基层党组织”、“三八红旗集体”、“共青团青年文明号”、“模范职工之家”等荣誉，2007年又获得“全国巾帼文明示范岗”荣誉称号，为促进伊犁经济社会发展，为伊犁州“两纲”目标的完成做出了积极的贡献。